漱石只與子規交往甚密，與紅葉等人並無過多接觸，紅葉等人此後成立了明治時期頗為著名的“硯友社”。子規為漱石一生重要的朋友，對其影響重大，尤其在“俳句”和“寫生文”方面。
漱石像
1893年26歲的漱石大學畢業後，便被校長推薦到東京高等師範任教（現東京教育大學）並兼任東京專門學校（現早稻田大學）的英語教師，同時積極參與子規的俳句革新運動。兩年後他辭職到愛媛縣松山中學任教，小說《哥兒》在此孕育；次年又轉入熊本第五高等學校。此後便一直擔任教職至33歲。在熊本第五高等學校（今熊本大學）任教其間，經人介紹他與貴族院書記官長中根重一的長女鏡子結婚，婚後不久長女筆子出生。漱石後來送給弟子湯淺廉孫的水彩，畫的是當初在熊本客寓時的書齋，其名作《草枕》即以熊本生活為素材。
明治文明開化《櫻花盛開的錦絵》
《坊っちゃん》(《哥兒》)封面
1900年漱石奉文部省（教育部）之命派往英國官費留學，在倫敦的兩年增加了他的抑鬱，每月都服用一種名為“卡爾斯伯德礦鹽”的胃藥，在留學期間“素有神經性消化不良症，無法適應英國生活的方式，罹患精神衰弱，在倫敦發狂”的消息傳回國內，現經過“病跡學”研究，漱石的病症並非神經官能症之類，應屬於“精神異常”（廣義的精神病），早在赴松山任教前夕（1895年）就已發作過一次。他的“精神衰弱”我想是由於克制謹慎愛鑽牛角尖的性格決定，再加上公費留學對他精神上的壓迫感。
夏目漱石家人照
被急召回國的漱石，有天看到火盆沿兒放著五厘銅幣，隨手打了女兒筆子一耳光，這是由於他腦中浮出在倫敦寓所中便所上也放著一枚銅幣吧，他確信是女房東愚弄試探他，1903年由英國回東京後的幾年，是他一生精神最緊張、最鬱悶的時期，極度敏感，這種“被害妄想症”愈演愈烈。他和鏡子夫人的關係本來就不協和，漱石對女性的觀念陳舊，覺得理想的女性就是對男人的柔順，並不考慮男女平等，要求妻子以他為絕對權威。鏡子夫人性子強，結婚次年曾想投河自殺，漱石作俳句：“病妻室內燈昏暗，苦熬晚暮度秋天。”可以想見鏡子夫人當時的精神狀態也堪憂。漱石留英期間，曾給鏡子寫信，傾訴自己很孤獨，責怪妻子不寫信。回國後漱石常為神經衰弱苦惱，常做出越軌的行動。
鏡子夫人在《回憶漱石》中說: “漱石曾送給女佣人一把小刀，讓她給夫人送去，讓她多雕刻一些小工藝”，這明明是種諷刺，兩人的關係愈發緊張，鏡子夫人懷疑漱石有精神病，請醫生做過診斷。漱石的急躁、憤怒和越軌，反映了他對鏡子的期望破滅。
此外漱石在東京帝國大學任講師，工作也不順利。前任教授小泉八雲頗受學生歡迎，漱石接課後，教學一板一眼，枯燥乏味，不如小泉八雲授課生動風趣。學生不買帳，從“英國文學概說”到講“文學論”，一直反響寥寥，後來才逐漸被學生接受。此一時期的他情緒低落，常悶在講師辦公室裡，絕少出門。碰上好天氣，才到近處的不忍池邊散心。他一度想要辭職，所掙的工資也難以支撐沉重的家庭負擔。
其間還有一件轟動日本的事件，刺激了漱石。那就是17歲的一高學生藤村操，從華嚴瀑布一縱躍下，自殺身亡。臨終在樹上題刻遺言：
“悠悠天壤，遼遼古今。五尺之軀，想不透如此大哉問。賀瑞修(指的是莎士比亞劇中人物“哈姆雷特”)之哲學，值多少權威?萬有之真相一言以蔽之，即——不可解。懷抱胸中之恨——煩悶。最後選擇一死。既已站在岩上，胸中了無不安。第一次了解到：最大的悲觀，竟等於最大的樂觀……”
當時漱石是藤村操的英文老師，後來著名的安倍能成、野上豐一郎等與之為同窗。藤村操事件經報章披露，受到此事感染，前後幾年百餘名青年紛紛效仿，大有“前仆後繼”之勢。他的舅舅著名學者那珂通世也在發文讚揚他因哲學的苦悶而自殺，藤村操生前曾到一位姑娘家門口，將一封信和高山樗牛的《瀧口入道》(講述平氏重盛手下武將藤原時賴因愛上下女橫笛遭女方拒絕、父親絕緣而遁入空門自起道號“瀧口入道”，女方後受感動轉而去追求反遭男方拒絕便也出家的悲戀故事)一並交給了她。
在藤村自殺前的一周，漱石在課堂上斥責他：“課愛上不上，甭來教室了”。誰知這名常不交作業的學生，竟然尋短見！夏目漱石既尷尬又疑懼，頻頻探問其他同學：“你們知不知道，藤村君為何要自殺呀？”，深怕因自己的一句話，造成學生想不開。藤村操事件，嚴重衝擊了夏目漱石，令他留學英國時罹患的憂鬱症又犯了。陰影在其生涯裡盤旋不去，此後他在小說《我是貓》、《草枕》裡面，都不忘將“藤村操事件”記上一筆。自此他的性情由嚴厲變得柔和，盡力呵護新進晚輩，在講究師徒名份的明治文壇，俨然是位親切的大家長。
岡本一平繪漱石先生
《我是貓》初刻版本。夏目漱石親自擔任製作人，書籍設計請橋口五葉來做。
橋口五葉所設計裝幀的《虞美人草》
漱石真正出道已三十八歲，在此之前只零碎寫過些漢詩和俳句，到其四十九歲病逝正式寫作也不過十年光景。如今在日本雖然沒有夏目漱石命名的文學獎，但其作為日本享有極高聲譽的國民大作家，頭像曾印在一千元日元鈔票上，《朝日新聞》（2000年6月）所作的“千年最喜歡的日本文學家”名列榜首，可見其作品的魅力，也可見讀者對其敬仰的程度，他的書也不斷再版，出了多個版本的全集，不少讀者似乎以為他的生活，該是優裕的，起碼過得很舒服。
漱石之女筆子在《與鈔票無缘的夏目漱石》文寫到：
據說父親的頭像將被印製在千圓票額的鈔票上，心裡總覺得這有點兒對不上號。因為從父親在世時的生活狀況來看，他和金錢是沒有什麼緣分的。按現在人們的想法，一說起名作家，便聯想到他定在富翁榜上名列前茅，住著舒適豪華的宅邸，乘坐由司機駕駛的私人小轎車，夏天在幽靜涼爽的別墅裡執筆寫作，過著高雅優裕的生活。